Naruto exécute l'Orbe Shuriken. Il doit maintenant affronter le terrible Kakuzu. Pendant ce temps, Sasuke affronte Orochimaru et le combat s'annonce d'une sauvagerie inouïe.
Pendant deux ans, Naruto et ses compagnons ont poursuivi leur formation et sont désormais au premier rang de la lutte contre Akatsuki, une organisation secrète qui cherche à s'emparer du pouvoir des B
Sasuke abandonne ses compagnons et quitte Konoka. Le nouveau Hokage ordonne à Shikamaru, récemment promu ninja, de convoquer Naruto, Neji, Kiba et Chôji pour former un commando.
Au sein du village de Konoha, Rock Lee est un ninja un peu particulier : il est incapable d'utiliser le ninjutsu. Mais ce léger handicap ne le décourage pas de devenir un jour un immense ninja.