Naruto, Sasuke et Sakura ont réussi la deuxième épreuve. Ils se préparent pour la troisième. Mais avant, il y a une présélection. Kabuto déclare forfait.
Alors que Naruto est aux prises avec Kimimaro dans un duel à mort, le baquet qui contient Sasuke vole en éclats. Le jeune Uchiwa en surgit, tourne le dos à Naruto et s'enfuit.
Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.
Manipulé par Code, Jûbi évolue vers un shinju doté d'une conscience. De son côté, Boruto est de retour au village lorsque Mitsuki l'attaque. Quant à Sasuke, il est absorbé par un arbre.
Lors du combat contre Kashin Koji, Isshiki Ôtsutsuki apparaît enfin sous sa véritable apparence. Pour graver à nouveau un kâma sur Kawaki, et réaliser sa résurrection, Isshiki attaque Konoha !!