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Pendant deux ans, Naruto et ses compagnons ont poursuivi leur formation et sont désormais au premier rang de la lutte contre Akatsuki, une organisation secrète qui cherche à s'emparer du pouvoir des Bijûs. Sasuke, lui, a trahi son maître et l'a dépouillé de ses pouvoirs pour fonder le Serpent, une unité de combattants d'élite..