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Dans le village caché de Konoha, Naruto, Sasuke et Sakura passent la deuxième épreuve de sélection des ninjas de moyenne classe dans la forêt de la mort.

Alors que Naruto et ses compagnons croyaient avoir récupéré le baquet dans lequel Sasuke est endormi, Kimimaro, un ennemi, inconnu jusqu'alors, surgit devant eux.

Jiraya et Naruto, partis à la recherche de Tsunade pour lui demander de devenir le 5e nakage, rencontrent Itachi Uchiwa.

Naruto et Sasuke s'affrontent dans un combat titanesque. C'est le début de nouvelles aventures pour Naruto et les jeunes shinobis de Konoha.

La suite des aventures de Naruto, ce garçon solitaire au caractère fougueux, à la recherche du secret de sa naissance et toujours à la conquête de la plus grande distinction dans l'ordre des ninjas :

Blessé dans son orgueil, Chôji triomphe de Jirôbô, mais s'effondre à l'issue du combat. Déterminés à tuer chacun un ennemi, Shikamaru, Naruto, Neji et Kiba se dressent face aux ninjas d'Oto.

Contre toute attente, Temari est le vainqueur. Shikamaru a gagné la vraie bataille mais il a perdu la compétition. Cependant, les épreuves pour devenir ninja de moyenne classe ne sont pas finies.

Pour sauver ceux qu'il aime, Naruto, en très mauvaise posture, porte une attaque dévastatrice à Gaara.