Mitsuharu, lycéen timide et solitaire, rencontre Toki, un extraterrestre en visite sur Terre afin de déterminer son sexe. Ce dernier propose au jeune garçon de décider pour lui.
Depuis que Toki est apparu dans sa vie, Mitsuharu voit son monde bouleversé. Il y a d'abord Adachi, qui lui est très attachée, et aussi le professeur Hagi, qui connaît la vérité sur Toki.
Taiyô Asano s'infiltre dans un train à vapeur contrôlé par l'organisation Tanpopo. Le jeune espion n'y trouve aucun indice permettant de le conduire à Momo Yozakura, le père de Mutsumi.
Après avoir pénétré dans la base de Tanpopo, les Yozakura se retrouvent dans les Fleurs arc-en-ciel, les lieutenants ennemis, qui ont une force surhumaine grâce à la puissance de la Feuille de cerisie