Link et la princesse Zelda se rendent à un tournoi de combattants. Le vainqueur, Vaati, réclame la force de la lumière et transforme la princesse en statue de pierre.
Pour délivrer la princesse Zelda, Link est contraint de briser le sceau, récupérant ainsi la fameuse épée. Mais à sa grande surprise, le jeune homme se retrouve divisé en quatre...
Pendant son sommeil, Link, un jeune garçon, entend les appels au secours de Zelda. La princesse du royaume d'Hyrule est retenue prisonnière dans son propre château par le magicien Aganihm.
Alors qu'il vogue sur les mers aux côtés de Tetra et de ses pirates, Link aperçoit au loin dans la brume un navire ténébreux. La jeune fille se lance à l'abordage, mais c'était un piège.
Après un an et demi passé dans le paisible village de Toal, le jeune Link peut être fier de lui : sa gentillesse, son courage et sa dévotion lui ont permis d'être totalement intégré dans cette communa