A bord du Léviathan, le jeune Kazuma et ses camarades effectuent un voyage scolaire vers la Terre quand des explosions d'origine inconnue détruisent une partie de la coque du vaisseau.
La reine Hiling consent à laisser le prince Bojji, héritier du royaume de Boss, partir en voyage, accompagné de Domas, son maître d'armes, et de Hokuro, un jeune soldat qui connaît la langue des signe
Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.