Dans le Japon féodal, le jeune Shigeru, héritier du clan des Otori, est formé à l'art de la guerre et des complots. Après la bataille de Yaegahara, le père de Shigeru meurt et celui-ci pert son rang.
Paris, 1934. Sur le parvis de Notre-Dame, une course-poursuite s'engage entre la police et Vango, 19 ans, qui allait être ordonné prêtre. Vango leur échappe. Il est accusé d'un crime.
A la fin des années 1930, suspendu au sommet des gratte-ciel de New York, Vango affronte ses ennemis avec le moine Zefiro, et retrouve la piste de celui qui a détruit sa famille.
Miles Halter s'ennuie en Floride et opte pour un pensionnat en Alabama. Pour la première fois, il se fait des amis avec qui il étudie, fume, boit et transgresse les interdits.