New York, XIXe siècle. L'agence Pendergast, organisation secrète établie sous Ellis Island, a pour mission d'intercepter toute créature paranormale qui arrive dans la ville parmi les immigrants.
Septembre 1870. Sherlock Holmes, Arsène Lupin et Irène Adler sont de retour à Londres. Or, le père d'Arsène est accusé du meurtre du secrétaire d'un célèbre compositeur.