La neuroscientifique Sayer Altair est appelée par le FBI après la découverte d'ossements humains dans une grotte perdue du parc national de Shenandoah.
Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête s
Dans un coin sauvage des Pyrénées, le cadavre d'une jeune femme est retrouvé nu. Peter, un architecte d'intérieur parti randonner seul à cet endroit, est injoignable depuis le jour du meurtre.
1706. Le corps d'un homme est retrouvé au pied de la Montagne noire, dans une petite ville côtière au nord-ouest de Ténérife. Ana, sa fille, refuse la thèse du suicide et mène ses propres recherches.
Un cadavre a été découvert dans la forêt de Kashiragami. Kogoro, Ran et Conan se rendent alors sur les lieux pour enquêter et découvrent qu'un certain Kogoro Mouri est déjà sur les lieux !