Koro Sensei est un être tout-puissant et mystérieux qui devient enseignant de la classe 3-E de l'école secondaire de Kunugigaoka après avoir détruit la Lune et promis de faire exploser la Terre au moi
1333, Kamakura. Au terme d'une insurrection, Hôjô Tokiyuki, jeune garçon dont le destin était d'hériter du shogunat, perd tout : sa famille, sa ville natale, les partisans de son clan...
Ogasawa Sadamune, le gouverneur de la province de Shinano, traque les survivants du clan Hôjô et s'invite dans la partie de tir au chien du sanctuaire de Suwa !