Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.
Manipulé par Code, Jûbi évolue vers un shinju doté d'une conscience. De son côté, Boruto est de retour au village lorsque Mitsuki l'attaque. Quant à Sasuke, il est absorbé par un arbre.
Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête s