Le jeune espion Taiyô Asano et son amie d'enfance Mutsumi Yozakura sont conviés à une soirée fondue avec l'agence Hinagiku. Kuroyuri a remis une boîte noire au contenu mystérieux à Taiyô.
Taiyô Asano s'infiltre dans un train à vapeur contrôlé par l'organisation Tanpopo. Le jeune espion n'y trouve aucun indice permettant de le conduire à Momo Yozakura, le père de Mutsumi.
Après avoir pénétré dans la base de Tanpopo, les Yozakura se retrouvent dans les Fleurs arc-en-ciel, les lieutenants ennemis, qui ont une force surhumaine grâce à la puissance de la Feuille de cerisie