Aux frontières d'un Empire qui s'effondre, sur une terre où chrétiens et musulmans vivent depuis toujours en bonne entente, le curé d'un village est retrouvé mort, la tête fracassée par une pierre.
A la rentrée, madame Pivoine, nouvelle venue à l'Ecole des animaux, veut présenter à ses élèves de nouveaux pensionnaires : des gerbilles, des tortues et un serpent. Mais Pitou le serpent a disparu.
Au Rwanda, un lycée perché sur la crête Congo-Nil réunit des jeunes filles dont les familles espèrent qu'elles parviendront vierges au mariage négocié pour elles dans l'intérêt du lignage.
Dès le premier jour dans sa nouvelle école, Arthur apprend qu'un des élèves a mystérieusement disparu. Avec ses nouveaux amis Pélagie, Kitsu, Gonzague et Willo, il décide de mener l'enquête.
Conan se retrouve perdu dans les dédales d'un château étrange... et quelque chose le suit. Bien plus que la résolution de cette affaire, c'est sa vie qui importe le plus !!