Alors que Or et Argent sont aux prises avec un mystérieux homme masqué, Cristal, une nouvelle dresseuse, part à l'aventure. Elle a été envoyée par le professeur Chen afin de compléter le Pokédex.
Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.