Dans la région d'Unys, les aventures d'un nouveau membre de l'école des dresseurs de Pavonnay, après les derniers incidents survenus à la Ligue Pokémon.
Alors que Or et Argent sont aux prises avec un mystérieux homme masqué, Cristal, une nouvelle dresseuse, part à l'aventure. Elle a été envoyée par le professeur Chen afin de compléter le Pokédex.