Artemis Fowl et ses amis résistent à l'attaque de robots contre la cité d'Atlantis. Mais le changement de personnalité d'Artémis inquiète ses compagnons et rend l'issue de l'aventure incertaine.
Artemis a maintenant 13 ans. Persuadé que son père est toujours en vie, il se lance à sa recherche en Russie et se heurte à la mafia, lorsqu'il est enlevé par le peuple des fées.
Le scientifique Myles et l'énergique Beckett, des jumeaux de 11 ans, passent la nuit seuls dans la maison des Fowl alors que leur frère aîné Artemis est en mission sur Mars.