Alors que le derniers habitants de l'Arche descendent sur Terre, une partie des 48 est emmenée au mont Weather, qui était leur objectif lors de leur arrivée, séparant Clarke du reste du groupe.
Inspiré de faits réels. Franz Jägerstätter, paysan autrichien, refuse de se battre aux côtés des nazis. Reconnu coupable de trahison par le régime hitlérien, il est passible de la peine capitale.
Une nouvelle année scolaire démarre pour Ducobu ! A l'école Saint Potache, une élection exceptionnelle va avoir lieu pour élire le président des élèves.
A la mort de son père, éditeur célèbre, Jeanne Drahi emménage dans la demeure familiale en compagnie de son mari, Marcel Bellmer, écrivain à succès, et de leur fille.
Dans la saison 3, les survivants retrouvent une planète visiblement en paix. Mais cet état de grâce est de courte durée : leurs existences sont sur le point de basculer pour toujours.