Les classes de seconde A et B sont cernées par l'escadron Genesis et les professeurs ne sont pas assez nombreux. Eraser Head décide alors d'autoriser les élèves à se battre.
Suite des aventures de Takada, nouvellement arrivé dans l'école où Nishimura, une fille étrange surnommée la sorcière des ténèbres, que tous les élèves craignent et évitent, devient son amie.
Léa aimait beaucoup Aiba, son camarade de classe, mais, depuis leur entrée en CM1, il a changé. Ce garçon calme est devenu totalement surexcité. Léa découvre qu'il s'agit en réalité d'un robot.
Seira, une jeune fille au fort caractère, emmène sa petite chatte Céleste à la clinique pour une visite de contrôle. Yuzu est perturbée lorsque le vétérinaire suggère de faire stériliser l'animal.
Pendant deux ans, Naruto et ses compagnons ont poursuivi leur formation et sont désormais au premier rang de la lutte contre Akatsuki, une organisation secrète qui cherche à s'emparer du pouvoir des B
Mochi et Al cohabitent dans le grenier de Yûka. L'adolescente semble soumise à un grand stress. Al a l'idée de plonger dans les rêves de son amie afin de comprendre ce qui la perturbe.