Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
L'histoire de deux sorcières prétendantes au poste de reine du Royaume magique. Mais avant cela, elles doivent faire un séjour chez les humains afin de s'emparer du coeur d'un maximum de garçons.
L. et Light se livrent un duel silencieux par l'intermédiaire des caméras cachées dans la maison de Light. Celui-ci parvient à démontrer son innocence par l'intermédiaire d'un stratagème, mais L.
Un second kira, dont les méthodes sont celles de Light, a fait son apparition. Au quartier général d'enquête, L. contacte Light pour lui demander sa collaboration.