Les mages de la guilde Fairy Tail sont désormais engagés dans la Quête de cent ans, qui consiste à neutraliser les cinq Dieux-Dragons de Guiltina, le continent inconnu.
Tandis que les membres de Fairy Tail tentent de reformer la guilde, Natsu parvient à résoudre les deux grandes énigmes concernant la dissolution du groupe et les raisons de l'absence de Makarof.
La grande armée de l'empire d'Arbaless, conduite par les Douze Guerriers, envahit toute la Magnoria. A l'ouest, c'est Ajil qui est le premier à attaquer.