Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête s
Dix ans plus tôt, alors que Shinishi et Ran sont en salle d'étude, un mystérieux garçon, affirmant être le petit frère de Shinishi, leur soumet une énigme : calmer la colère d'Haido.
Kaito Kid refait parler de lui en envoyant à son rival, Jirokichi Suzuki, un message l'avertissant de son intention de le dévaliser. Conan va donc mener l'enquête.