Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.
Kaito Kid refait parler de lui en envoyant à son rival, Jirokichi Suzuki, un message l'avertissant de son intention de le dévaliser. Conan va donc mener l'enquête.