Dix ans plus tôt, alors que Shinishi et Ran sont en salle d'étude, un mystérieux garçon, affirmant être le petit frère de Shinishi, leur soumet une énigme : calmer la colère d'Haido.
Conan et les Détectives-Boys vont à la montagne. Ils y rencontrent une étudiante, Sakuko Kokura, membre d'un groupe occupé à construire un bonhomme de neige.
Kogoro et Conan partent en mission dans une riche famille de Shizuoka. A sa demande, ils doivent élucider de manière rationnelle un problème complexe : la malédiction d'un esprit malfaisant.
Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête s
En quête de puissance, Sasuke s'élance sur Naruto, son ami le plus cher, avec une détermination redoutable, pour le tuer. C'est le choc entre l'Orbe Tourbillonnant et les Mille Oiseaux.