Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.
Chôko Hanamura obtient un rendez-vous avec Tsukiyono, le garçon le plus populaire du lycée. Malheureusement, son corps est interverti avec celui de Hayate, son frère jumeau qui la surprotège.
Manipulé par Code, Jûbi évolue vers un shinju doté d'une conscience. De son côté, Boruto est de retour au village lorsque Mitsuki l'attaque. Quant à Sasuke, il est absorbé par un arbre.