La suite des aventures de Naruto, ce garçon solitaire au caractère fougueux, à la recherche du secret de sa naissance et toujours à la conquête de la plus grande distinction dans l'ordre des ninjas :
Les membres des Forces de Défense repoussent un raid aérien sur la base de Tachikawa. Le vice-commandant Hoshina libère sa puissance maximale pour affronter le méga-kaiju qui dirige l'attaque.
Kafka a été démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace. Il se retrouve face au directeur Isao Shinomiya venu en personne procéder à son exécution.
Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju nº9, Kafka ne parvient pas à se transformer. Tandis que Kikoru le rejoint, il réalise qu'une peur inconsciente le retient.