Après une nouvelle tentative de parricide, Apollon est jugé par le tribunal des Dieux. Zeus fait venir Homère sur le Mont Olympe pour qu'il témoigne des faits dont son fils s'est rendu coupable.
La Pythie est une vierge messagère des dieux, dévouée au culte d'Apollon. Elle vit recluse dans son temple, préservant le don qui a fait d'elle l'une des femmes les plus puissantes de Grèce.
Pour délivrer la princesse Zelda, Link est contraint de briser le sceau, récupérant ainsi la fameuse épée. Mais à sa grande surprise, le jeune homme se retrouve divisé en quatre...
Après avoir sauvé leur village des griffes de brigands, Frigiel et ses amis partent à la recherche de Landre, le frère d'Ernald et leur plus grand ennemi.