Koro Sensei est un être tout-puissant et mystérieux qui devient enseignant de la classe 3-E de l'école secondaire de Kunugigaoka après avoir détruit la Lune et promis de faire exploser la Terre au moi
Le jeune espion Taiyô Asano et son amie d'enfance Mutsumi Yozakura sont conviés à une soirée fondue avec l'agence Hinagiku. Kuroyuri a remis une boîte noire au contenu mystérieux à Taiyô.
Taiyô Asano s'infiltre dans un train à vapeur contrôlé par l'organisation Tanpopo. Le jeune espion n'y trouve aucun indice permettant de le conduire à Momo Yozakura, le père de Mutsumi.
Sebastian est un majordome au service de Ciel Phantomhive, héritier d'une grande famille de la noblesse anglaise. Distingué et irréprochable, il cache sa véritable nature.