Les jeunes espions se rendent à San Francisco pour enquêter sur la mort de Rutledge, un ancien espion du MI6 qui s'informait sur un traître surnommé La Pie.
Après la mort de Mina, Biomedicare continue de traquer les génophores. Ces derniers ne peuvent plus fuir et doivent mener leur ultime bataille pour mettre fin à la propagation du virus et se libérer.
Des milliers d'années après que l'humanité toute entière a été changée en pierres, Taiji, un jeune lycéen tokyoïte, se réveille et décide de rebâtir la civilisation à partir de rien avec son ami Senku