Dans une pièce inconnue de la pyramide de Khéops sont découverts le cadavre du milliardaire américain Seth Pryce et le corps agonisant de sa femme Jessica.
A cause de son surpoids, Lily est victime de harcèlement de la part de ses camarades d'école. Son père l'incite à suivre des cours de boxe pour apprendre à se défendre et trouver sa propre voie.
Les jeunes espions se rendent à San Francisco pour enquêter sur la mort de Rutledge, un ancien espion du MI6 qui s'informait sur un traître surnommé La Pie.
Après la mort de Mina, Biomedicare continue de traquer les génophores. Ces derniers ne peuvent plus fuir et doivent mener leur ultime bataille pour mettre fin à la propagation du virus et se libérer.