Un beau matin, Benoît Brindherbe est surpris de trouver un petit dragon dans sa chambre. Sa mère ne veut pas y croire. Aussi pour attirer l'attention, le petit dragon devient énorme.
Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.