Yûgo Hachiken est un collégien qui vient du prestigieux établissement de Shin Sapporo. Il est ce qu'on appelle un génie quand on en vient aux mathématiques et aux autres matières cérébrales.
Yûgo passe ses vacances d'été dans la ferme de son amie Aki et cela n'est pas de tout repos. Un mystérieux vagabond débarque sur l'exploitation et complique encore la vie du garçon.
Mark Evans parvient à hisser son équipe jusqu'aux éliminatoires du football frontier, le prestigieux tournoi inter-collèges. Après plusieurs matchs, Raimon a remporté le championnat départemantal.
Alors que la Team Plasma s'est emparée de Zekrom, Fulguri Boréas et Démétéros, tout espoir paraît perdu. Pourtant, Zhu croit voir en Noir le salut, lui qui semble avoir été choisi par Reshiram.
Alors qu'il se prépare à affronter son 5e champion d'arène en la personne de Carolina, Noir découvre que tous les champions se sont réunis pour contrer la Team Plasma qui va lancer une attaque chez Al