Chibiusa veut voler son cristal d'argent à Usagi. En même temps, les Sailors disparaissent les uns après les autres enlevés par les membres d'une mystérieuse secte.
Les mages de la guilde Fairy Tail sont désormais engagés dans la Quête de cent ans, qui consiste à neutraliser les cinq Dieux-Dragons de Guiltina, le continent inconnu.
Shiki, jeune chasseur de monstres qui a été l'apprenti de Gurelli, revient à Akamâya, là où vécut son maître. Il y rencontre Eilee, qui se révèle être la fille de Gurelli.
Après avoir sauvé un érudit de la cour, Shiki et Irie doivent affronter un Plesioth pour pouvoir traverser la mer. Ils sont aidés par un mystérieux personnage.