La suite des aventures de Naruto, ce garçon solitaire au caractère fougueux, à la recherche du secret de sa naissance et toujours à la conquête de la plus grande distinction dans l'ordre des ninjas :
Minneapolis. Luke Evans, jeune surdoué de 12 ans, est enlevé et ses parents sont tués. Il se retrouve à l'Institut comme d'autres enfants doués de pouvoirs psychiques.
La productrice de télévision Laurie Moran est sur le point d'épouser Alex. Alors que les préparatifs vont bon train, Johnny, 7 ans, le neveu d'Alex, disparaît sur la plage.
Le descendant d'un prédicateur manipulateur des foules, catastrophé d'avoir perdu le don de soigner, entreprend de tuer pour bénéficier à nouveau de l'aide divine.