Judas Ben-Hur, prince de Judée, et sa famille accueillent dans leur demeure un ami d'enfance, Messala, venu prendre la tête de la garnison de Jérusalem.
Pour savoir avec certitude si sa réalité propre est une construction physique ou mentale, et pour véritablement se connaître lui-même, M. Anderson devra de nouveau suivre le lapin blanc.
Des nuées de sentinelles approchent... Les Agents Smith se multiplient... Néo vole... L'Elu, doté de nouveaux pouvoirs étonnants, pourra-t-il arrêter la progression des machines ?