Sur la planète Aegis, la Confédération des Etats du Nord exploite les ressources naturelles des régions sous-développées du Sud grâce à sa supériorité technologique et militaire.
2241, Japon. Devenue inhabitable, la Terre n'abrite que des robots samouraïs, appelés Yojimbot. Un jour, l'un d'entre eux rencontre Hiro, un jeune garçon qui fuit une troupe armée avec son père.
Alors que les Maîtres architectes reconstruisent le Collège invisible, Guillaume, Capucine, Thomas et Dragounet se retrouvent transportés dans une dimension étrange et hostile.
Atma a le pouvoir de communiquer avec les esprits. Il est d'ailleurs toujours accompagné de l'esprit de ses grands-parents. Or, un matin les âmes de Myma et de Pépéalf brillent faiblement.