Kate Warner, scientifique émérite, s'est installée à Jakarta pour tenter de surmonter un traumatisme lié à son passé. Ses recherches ont abouti à un traitement de l'autisme.
Lors d'une soirée costumée sur un vaisseau fantôme à laquelle Kogoro et Sonoko sont invités, le capitaine, hôte de la soirée, est tué sous leurs yeux et à la surprise générale, Shinichi Kudo apparaît.
Heiji Hattori, le détective de l'Est, invite Conan et ses amis à Osaka pour les vacances d'été. Mais il se disputent pour savoir si ils iront au thêatre ou au base-ball.
Jane Taylor vit paisiblement avec son mari, Glen, dans une jolie maison. Tout bascule le jour où Glen devient le suspect principal du meurtre d'une petite fille.