Brooklyn, une jeune hackeuse, devait être incarcérée pour de nombreuses années mais grâce à l'intervention de Mère, un agent du MI6, la condamnation lui est épargnée.
Ryan Sharman et Fu Ning sont chargés d'infiltrer un gang de trafiquants de drogue à Londres, sous la direction de James Adams, devenu le plus jeune contrôleur de mission de l'organisation Cherub.
Les jeunes espions se rendent à San Francisco pour enquêter sur la mort de Rutledge, un ancien espion du MI6 qui s'informait sur un traître surnommé La Pie.
James est injustement tenu pour responsable de l'échec d'une mission d'infiltration dans le milieu des trafiquants d'armes russes, marquée par la mort violente de deux agents.