Brooklyn, une jeune hackeuse, devait être incarcérée pour de nombreuses années mais grâce à l'intervention de Mère, un agent du MI6, la condamnation lui est épargnée.
Ryan Sharman et Fu Ning sont chargés d'infiltrer un gang de trafiquants de drogue à Londres, sous la direction de James Adams, devenu le plus jeune contrôleur de mission de l'organisation Cherub.
Les jeunes espions se rendent à San Francisco pour enquêter sur la mort de Rutledge, un ancien espion du MI6 qui s'informait sur un traître surnommé La Pie.