Avec Sasuke et Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école de ninjas de Konoha, un village caché, réussit avec brio le test de survie imposé par maître Kakashi.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.