"Au dodo !" raconte, à travers différentes techniques d'animation, le moment du coucher de quelques-unes des espèces les plus adorables et mystérieuses du monde animal.
Dans le port du Havre, Flash, un jeune papillon, découvre qu'il est un éphémère et qu'il n'a que vingt-quatre heures à vivre. Il se lance alors dans une folle épopée jusqu'au Stade de France.
Peter le paon, Fiat le panda et Undeutrois le ouistiti vivent dans un zoo où ils adorent se promener. Un soir, Peter disparaît en laissant le message "Brochet m'a kidnappé" dans la vase.
Un gant égaré devient le refuge de petits animaux désireux de se protéger du froid glacial de l'hiver. A l'arrivée d'une biche frigorifiée, ils recherchent une solution pour l'accueillir.