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La princesse Peach s'est de nouveau faite kidnappée dans le jeu de rôle Paper Mario : La Porte Millénaire sur Gamecube. Mario part donc à sa rescousse pour la libérer. Le joueur est confronté à des extraterrestres, les Xnauts, qui ont l'ambition de récupérer le trésor caché derrière la porte millénaire et d'utiliser son pouvoir pour dominer le monde. De nombreux secrets seront à découvrir.