Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.
Dans le village caché de Konoha, Naruto, Sasuke et Sakura passent la deuxième épreuve de sélection des ninjas de moyenne classe dans la forêt de la mort.