Lorsqu'Edna, une matriarche âgée et veuve, est portée disparue, sa fille Kay et sa petite-fille Sam se rendent dans leur maison familiale éloignée pour la retrouver.
Adaptée des romans éponymes de Philip Pullman, la série se situe dans un monde dominé par le Magisterium, un organisme gouvernemental régi par l'Eglise.