A Konoha, Boruto, le fils de Naruto, prépare l'examen qui lui permettra de passer ninja de moyenne classe. Il demande à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de l'accepter pour disciple.
Lors du combat contre Kashin Koji, Isshiki Ôtsutsuki apparaît enfin sous sa véritable apparence. Pour graver à nouveau un kâma sur Kawaki, et réaliser sa résurrection, Isshiki attaque Konoha !!
La guerre n'est plus qu'un souvenir et la paix s'est installée durablement. Mais un ennemi qui ressemble étrangement à Kaguya apparaît et s'attaque à Killer Bee.