L'adolescence d'Eikichi Onizuka, héros de GTO à l'époque où il formait un duo inséparable avec Ryuji. Obsédés par les filles, ils tentent de faire oublier leur passé de délinquants, sans succès.
La compétition a commencé entre Eikichi, Ryuji et le reste de la bande pour avoir Kaoru. Au même moment, Yui Itô, amoureuse d'Eikichi, marche aux côtés de Tsukaï, qui est secrètement amoureux d'elle.
Les Oracion Seis ont enlevé Wendy, qui est détentrice d'un grand pouvoir de guérison. Brain et les siens veulent ressusciter un homme capable de retrouver le Nirvana.
Lucy affronte la terrible Angel, et Brain prend le contrôle du nirvana. Natsu et ses compagnons semblent être le dernier espoir pour empêcher le monde de sombrer dans les ténèbres...
Alors que la lutte entre dragons et magiciens fait rage, Lucy découvre que la destruction de la porte d'Eclipse pourrait arrêter la déferlante des monstres.