Après avoir repris le chemin des Sept Murs pour percer le mystère de la fille au sang maudit, Emma et Ray se retrouvent prisonniers d'un univers qui ressemble étrangement à Grace Field House.
Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre les kaiju, d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population.
Tandis que la dernière épreuve de l'examen pour intégrer les forces de défense arrive à son terme, un mystérieux kaiju humanoïde ressuscite le principal monstre que Kikoru venait d'éliminer.