Miss Peregrine et les enfants particuliers font tout pour ne pas se faire remarquer car ils peuvent désormais vivre hors des boucles temporelles sans risquer de vieillir en accéléré.
Livrés à eux-mêmes suite à l'attaque des Estres ayant changée Miss Peregrine en oiseau, Jacob et les enfants particuliers échouent sur une rive de Grande-Bretagne, en 1940.
A Londres, Jacob Portman et Emma Bloom recherchent leurs amis enlevés par les Estres et retrouvent leurs traces grâce au flair d'Addison, le chien doué de parole.
Abe Portman, un enfant juif polonais, s'est autrefois réfugié pour échapper à la menace nazie dans un orphelinat d'une île du pays de Galles dirigée par Miss Peregrine Faucon.
A la demande du roi Roland, les maîtres des dragons vont présenter leurs montures au monde entier. Finalement, Fira et Draco doivent rester au château car leurs dragons ne sont pas parfaits.