Shiki, jeune chasseur de monstres qui a été l'apprenti de Gurelli, revient à Akamâya, là où vécut son maître. Il y rencontre Eilee, qui se révèle être la fille de Gurelli.
Après avoir sauvé un érudit de la cour, Shiki et Irie doivent affronter un Plesioth pour pouvoir traverser la mer. Ils sont aidés par un mystérieux personnage.
Amu Hinamori, une jeune fille cool, mais en fait plutôt réservée et peu sûre d'elle, rêve d'intégrer les Gardiens, un groupe de son école chargé de la protection des élèves.