Violet, le prince de la vitesse, conduit le Pokémon légendaire Miraidon à travers la région de Paldea à la recherche des épices secrètes, afin de récupérer les pouvoirs de celui-ci.
Violet affronte Craparoi et les Pokémon dominants. De son côté, Ecarlate part à la recherche d'informations sur le Trésor du fléau dans les arènes de Paldea.
Kurumi est une jeune fille qui a grandi dans l'Enclos, un centre de recherche élevant des petites filles. Elle s'endort la veille de son dixième anniversaire, mais se réveille quatorze ans plus tard.
Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.
Chocola et Vanilla continuent leur course dans la conquête d'un maximum de Terriens qui permettra à l'une des deux de devenir reine du Royaume magique.