En 1627, d'Artagnan quitte sa Gascogne natale pour Paris où il rêve de devenir l'un des mousquetaires du roi Louis XIII. Arrivé sur place, il découvre les manigances de Richelieu contre la reine.
Après un attentat sanglant, le roi Louis XIII ordonne à son armée de se rendre à La Rochelle, une cité protestante jugée menaçante pour le royaume de France.
Kogoro et Conan partent en mission dans une riche famille de Shizuoka. A sa demande, ils doivent élucider de manière rationnelle un problème complexe : la malédiction d'un esprit malfaisant.
Conan et ses amis ont fait la connaissance de Rena Mizunashi, une présentatrice de la télévision. Et voilà qu'ils découvrent qu'elle fait partie de l'organisation des hommes en noir.